Cytoscape的“傻瓜式”教程

在这个世界，一个人的颜值和内涵很重要；在科研界中，优秀的科研论文除了创新的研究内容外，也需要“高颜值”的数据结果图。上次给大家介绍了一下Cytoscape的使用，小伙伴们意犹未尽，今天小编就继续和大家分享这个常用的网络图编辑软件。

Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件。支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本或Microsoft Excel文件作为输入，或利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。它具体可以做什么？直接上图告诉你！

没错，这都是用Cytoscape完成的网络图，展示遗传关系或者生物学过程中的互作关系。有么有眼馋这些“高颜值”的图？心动不如行动，赶紧按接下来的Cytoscape使用教程学起来。

1. 安装并打开Cytoscape（这点很关键......）

2. 导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络

网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有Sample Data，是部分网络文件的示例。

本地导入参考物种的蛋白互作网络

Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。

然后选择每一列数据的属性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同时对应不同颜色和图标标记。

导入后，右上部窗口内展示蛋白互作网络图，右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。

从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络

例如要导入某个物种的蛋白质互作网络：选择物种和想要查看的数据库，搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库，导入数据（时间稍长）。

3. 在Layout选项下可以选择方便观测的布局（默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout）。

4. 设置网络节点和边的风格 (Style)

在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如：选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。

在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。

5. 导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。

选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列（可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据）。

6. 根据上下调基因 (up/down) 标示网络，定义上调基因 (up) 为红色，下调基因 (down) 为蓝色。

7. 导出数据

导出图像Export Network as Graphics。

导出数据 Export Table。

可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。

在弹出窗口编辑导出文件名。

以上就是Cytoscape的“傻瓜式”教程，其实一款软件的应用从入门到精通，是需要时间的。希望大家多多尝试，其实鼠标点点点就能做到的，不用大家写代码哒！祝大家早日画出自己满意的网络图~

参考链接

Java8下载地址：

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

OpenJDK7网址：

http://openjdk.java.net/

Cytoscape下载地址：

http://www.cytoscape.org/download.php

参考手册：

http://manual.cytoscape.org/en/stable/

发文章用Cytoscape作图记得引用文献哦：

ShannonP, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks[J]. Genome Research, 2003, 13(11): 2498-2504.

中科新生命，成立于2004年，专注于质谱技术方法在科技服务、生物医药、精准医疗领域的应用开发。12年质谱服务经验，每年处理本数超万例，通过与中科院的技术合作及企业研发团队的自主创新，致力成为您最具价值的生物技术合作伙伴。