使用conda安装

可从Bioconda频道以Conda软件包的形式获得 Cutadapt。 如果没有Conda，请安装miniconda。然后按照Bioconda安装说明进行操作（尤其要确保您的频道列表中同时包含bioconda和conda - forge）。

然后要将Cutadapt安装到新的Conda环境中，请使用以下命令：

conda create -n cutadaptenv cutadapt

在这里，cutadaptenv是Conda环境的名称。您可以选择其他名称。

每次您要在其中使用程序时都需要激活一个环境，如下所示：

conda activate cutadaptenv

最后，检查它是否有效：

cutadapt --version

这应该显示Cutadapt版本号。

用pip安装

如果您的系统上已经安装了Python（很有可能已安装），则可以pip在命令行上使用安装Cutadapt ：

python3 -m pip install --user --upgrade cutadapt

这将从PyPI（Python打包索引）下载该软件，并将cutadapt二进制文件安装到中$HOME/.local/bin。如果您的系统上存在Cutadapt的旧版本，则该--upgrade参数是安装新版本所必需的。

然后，在许多系统上，您可以像下面这样运行程序：

cutadapt --version

如果这不起作用或打印出意外的版本号，则需要使用完整路径来运行程序：

~/.local/bin/cutadapt --version

另外，您可以通过将目录添加$HOME/.local/bin到$PATH环境变量中来避免键入完整路径。

依存关系

Cutadapt安装需要安装以下软件：

• Python 3.6或更高版本

• 可能是C编译器。对于Linux，Cutadapt软件包以.whl预编译的所谓“ wheels”（文件）的形式提供。

在Ubuntu下，您可能需要安装软件包build-essential并 python3-dev获得C编译器。

如果收到错误消息：

error: command 'gcc' failed with exit status 1

然后检查整个错误消息。如果它说明丢失的 Python.h文件，则说明问题是您缺少Python开发包（python3-dev在Ubuntu中）。

系统范围的安装（需要root）

通常，使用sudo可能会很危险，并且上面不需要的方法是首选。也就是说，如果您具有root用户访问权限，则可以通过运行以下命令在全系统范围内安装Cutadapt：

sudo python3 -m pip install cutadapt

这会将cutadapt安装到中/usr/local/bin。

如果要从旧版本升级，请改用以下命令：

sudo python3 -m pip install --upgrade cutadapt

如果上述方法对您不起作用，则可以尝试将Cutadapt安装到虚拟环境中。这可以减少与系统安装的软件包的冲突：

sudo python3 -m venv /usr/local/cutadaptsudo /usr/local/cutadapt/bin/pip install cutadaptcd /usr/local/bin/sudo ln -s ../cutadapt/bin/cutadapt

解除安装

类型

pip3 uninstall cutadapt

并确认y以删除包装。在某些情况下，可能会同时安装多个版本。重复上述命令，直到收到错误消息，以确保删除了所有版本。