tophat2安装和问题的解决

在安装tophat2安装简单但会碰到的问题

1. tophat2安装
   wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

2. 解压
   tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

3. 加入PATH
   export PATH=/home/ZQK/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH

4. 测试
   tophat2
   测试出现问题

出现这一问题原因是topcoat更新语法不适用于当前python版本，要做的事吧tophat注释修改一下。
找到你的python2 ：whereis python2
选取python2的路径

进入文件夹tophat-2.1.0.Linux_x86_64/ ，vim tophat ，把路径更改，保存即可。

测试

tophat2 -h

出现error

出现error

解决方法

原因：tophat更新语法不适用于当前python版本，要把tophat注释修改一下

找到你的python2 ：whereis python2

选择路径：/usr/bin/python2.7

进入文件夹tophat-2.1.0.Linux_x86_64/ ，vim tophat ，把路径更改，保存即可

进入vim后，i进入修改

将#！/usr/bin/env python，改成#！/usr/bin/env python2.7

然后按esc退出编辑，:wq进行保存并退出

测试：tophat2 -h，成功