编译安装samtools

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samtools

htslib (如果samtools文件夹有，则不需要)

编译samtools

./configure 
make

一般会报错，提示

bam_tview_curses.c:41:20: fatal error: curses.h: No such file or directory
#include <curses.h>

cram/cram_io.c:57:19: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include <bzlib.h>

htslib-1.4/htslib/bgzf.h:35:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory 
#include <zlib.h>

cram/cram_io.c:60:18: fatal error: lzma.h: No such file or directory
#include <lzma.h>

需要安装如下包

sudo yum install bzip2-devel
sudo yum install ncurses-libs
sudo yum install ncurses-devel
yum install -y xz-devel // lama.h 错误需要

然后继续编译安装 samtools

./configure
make
make prefix=/opt/samtools install

添加环境变量

打开 ~/.bashrc，为samtools添加环境变量

vim ~/.bashrc
export PATH=/opt/samtools/bin:$PATH
source ~/.bashrc

这样即可使用samtools命令了

其他

依赖的包，除了用命令行安装，也可使用源码编译的方式，该方式也很简单，在官网下载源码，直接 ./configure make make install 即可

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