R Studio安装"airway"踩坑总结

2046 人阅读 | 时间：2021年07月07日 23:55

在B站看，Jimmy老师的R语言课程，跟着想安装个airway

但是，安装过程中却出现了下面这个问题：

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)Installing package(s) 'airway'installing the source package ‘airway’
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)Installing package(s) 'airway'installing the source package ‘airway’

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.10/data/experiment/src/contrib/airway_1.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 24226867 bytes (23.1 MB)downloaded 23.1 MB* installing *source* package 'airway' ...** using staged installation** data** inst** help*** installing help indices
  converting help for package 'airway'
    finding HTML links ... 好了
    airway                                  html  
    gse                                     html  
** building package indices** installing vignettes** testing if installed package can be loaded from temporary location*** arch - i386
Error: package or namespace load failed for 'GenomeInfoDb' in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 there is no package called 'RCurl'Error : package 'GenomeInfoDb' could not be loaded
错误: 载入失败
停止执行*** arch - x64
Error: package or namespace load failed for 'GenomeInfoDb' in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 there is no package called 'RCurl'Error : package 'GenomeInfoDb' could not be loaded
错误: 载入失败
停止执行
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'* removing 'G:/R/win-library/3.6/airway'The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages’
Old packages: 'backports'Update all/some/none? [a/s/n]: a

  There is a binary version available but the source version is
  later:
          binary source needs_compilation
backports  1.1.7  1.1.8              TRUE

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/backports_1.1.7.zip'
Content type 'application/zip' length 81581 bytes (79 KB)downloaded 79 KBpackage ‘backports’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages> if (!requireNamespace("BiocManager"))+ install.packages("BiocManager")> install.packages(RCurl)Error in install.packages : 找不到对象'RCurl'> install.packages("RCurl")WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/Installing package into ‘G:/R/win-library/3.6’(as ‘lib’ is unspecified)also installing the dependency ‘bitops’

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/bitops_1.0-6.zip'
Content type 'application/zip' length 38469 bytes (37 KB)downloaded 37 KB

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/RCurl_1.98-1.2.zip'
Content type 'application/zip' length 2987986 bytes (2.8 MB)downloaded 2.8 MBpackage ‘bitops’ successfully unpacked and MD5 sums checkedpackage ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packagesURL’https://bioconductor.org/packages/3.10/data/experiment/src/contrib/airway_1.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 24226867 bytes (23.1 MB)downloaded 23.1 MB* installing *source* package 'airway' ...** using staged installation** data** inst** help*** installing help indices
  converting help for package 'airway'
    finding HTML links ... 好了
    airway                                  html  
    gse                                     html  
** building package indices** installing vignettes** testing if installed package can be loaded from temporary location*** arch - i386*** arch - x64** testing if installed package can be loaded from final location*** arch - i386*** arch - x64** testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (airway)The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages’
Old packages: 'backports'Update all/some/none? [a/s/n]: a

  There is a binary version available but the source version is
  later:
          binary source needs_compilation
backports  1.1.7  1.1.8              TRUE

installing the source package ‘backports’

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib/backports_1.1.8.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 18047 bytes (17 KB)downloaded 17 KB* installing *source* package 'backports' ...** 成功将'backports'程序包解包并MD5和检查** using staged installation** libs*** arch - i386
c:/Rtools/mingw_32/bin/gcc  -I"E:/R/R-3.6.3/include" -DNDEBUG          -O3 -Wall  -std=gnu99 -mtune=core2 -c dotsElt.c -o dotsElt.o
sh: c:/Rtools/mingw_32/bin/gcc: No such file or directory
make: *** [E:/R/R-3.6.3/etc/i386/Makeconf:208: dotsElt.o] Error 127ERROR: compilation failed for package 'backports'* removing 'G:/R/win-library/3.6/backports'* restoring previous 'G:/R/win-library/3.6/backports'The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages’

由于楼主是个小白，所以看到报错，而且还是这么长，是有点慌的。查了半天也没得到一致度很高的结果。
所以就只能仔细看看报错了

Error: package or namespace load failed for 'GenomeInfoDb' in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 there is no package called 'RCurl'#这里说GenomeInfoDb load失败，由于没有R package: RCurl

所以就得出了，解决方案了

解决方案：

> install.packages(RCurl)

再看一次运行结果：

> BiocManager::install("airway")Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)Installing package(s) 'airway'installing the source package ‘airway’

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.10/data/experiment/src/contrib/airway_1.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 24226867 bytes (23.1 MB)downloaded 23.1 MB* installing *source* package 'airway' ...** using staged installation** data** inst** help*** installing help indices
  converting help for package 'airway'
    finding HTML links ... 好了
    airway                                  html  
    gse                                     html  
** building package indices** installing vignettes** testing if installed package can be loaded from temporary location*** arch - i386*** arch - x64** testing if installed package can be loaded from final location*** arch - i386*** arch - x64** testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (airway)The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages’
Old packages: 'backports'Update all/some/none? [a/s/n]: a

  There is a binary version available but the source version is
  later:
          binary source needs_compilation
backports  1.1.7  1.1.8              TRUE

installing the source package ‘backports’

试开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib/backports_1.1.8.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 18047 bytes (17 KB)downloaded 17 KB* installing *source* package 'backports' ...** 成功将'backports'程序包解包并MD5和检查** using staged installation** libs*** arch - i386
c:/Rtools/mingw_32/bin/gcc  -I"E:/R/R-3.6.3/include" -DNDEBUG          -O3 -Wall  -std=gnu99 -mtune=core2 -c dotsElt.c -o dotsElt.o
sh: c:/Rtools/mingw_32/bin/gcc: No such file or directory
make: *** [E:/R/R-3.6.3/etc/i386/Makeconf:208: dotsElt.o] Error 127ERROR: compilation failed for package 'backports'* removing 'G:/R/win-library/3.6/backports'* restoring previous 'G:/R/win-library/3.6/backports'The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\Xyz\AppData\Local\Temp\RtmpIjdSwg\downloaded_packages’

再library一下