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sratoolkit-安装过程中的问题

1813 人阅读 | 时间:2021年07月13日 10:39

系统:Centos

 

安装sratoolkit:

   从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。

    网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

 

  我认为这个工具是免安装的,下载到本地,配置一下即可(配置不可少,我下面的折腾就是没有配置、配置错误导致的)。

 

我的做法:

  下载到本地后,进入bin文件下的fastq-dump命令,报错:


(base) [root@localhost ~]# fasterq-dump -h

This sra toolkit installation has not been configured.

Before continuing, please run: vdb-config --interactive

For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

 直接到sratoolkit.2.11.0-centos_linux64 安装目录下执行vdb-config --interactive 命令后弹出下面窗口直接关闭就可以了

(base) [root@localhost sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]# vdb-config --interactive


sratoolkit-安装过程中的问题

sratoolkit-安装过程中的问题

  

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